Buljongen är central i GAPS-dieten. Den kan tillagas på en mängd sätt och grönsaker och smaksättning kan varieras efter smak. I början av dieten rekommenderas att man äter köttbuljonger. När man kommit lite längre kan man med fördel koka benbuljong. Kan man hitta kycklingfötter och vingar är det en fördel eftersom dessa innehåller mer gelatinämnen.